1、筹资的目的不同
吸收存款在一定意义上是全面扩大银行资金来源的总量，而发行债券则着眼于增长长期资金来源和满足特定用途的资金需要。
2、筹资机制不同
吸收存款是经常性的、无限额的，而金融债券的发行是集中的、有限额的。在存款市场上，商业银行在很大程度是处在被动地位，存款规模取决于存款者的意愿，因而存款市场属于买方市场性质。而发行金融债券的主动权在银行手中，因而它属于卖方市场，是银行的“主动负债”。
3、筹资的效率不同
由于金融债券的利率高于存款的利率，对客户具有较强的吸引力，因而其筹资的效率在一般情况下高于存款。
4、所筹集资金的稳定性不同
金融债券一般都具有确定的偿还期，因而资金的稳定性强;存款的期限具有较大的弹性，即便是定期存款，在特定的状况下也可提前支取，因而资金的稳定性较差。
5、资金流动性不同
金融债券一般不记名，有广泛的二级市场流通转让，具有较强的流动性。而存款，一般都是记名式的，资金一旦转化为存款，债权债务关系便被固定在银行和客户之间，因而资金的流动性差。
6、受影响不同
吸收存款受到的准备金率的影响，而金融债券获得的资金则不受其影响。
什么是金融债券
金融债券是金融机构为了筹集资金而发行的债券。在具体的经济活动中，由于金融机构的资信程度较高，所以金融债券多为一年期以上的中、长期债券。
按发行主体的不同，金融债券可划分为国家金融债券和地方金融债券，国家金融债券是专业银行总行等一级的金融机构向全国范围发行的金融债券，而地方金融债券是专业银行的分行在所辖业务的地域范围内发行的一种金融债券。
一般来说，为了能区别于储蓄存款且比储蓄存款更具吸引力，金融债券的利率比同期定期储蓄利率要高，特别是地方金融债券，其利率水平还可相应高一点。金融债券还可能上市流通转让，它具有“高于定期储蓄的利息，超于活期储蓄的方便”之特点，因而成为广大投资者乐意购买的债券之一。按其发行的价格、利率和期限不同，金融债券又可分为普通金融债券、累进利息金融债券、贴现金融债券(也称贴水金融债券)
